Hamnen blev en stor hamn under Songdynastin. Naturhamnen är djup och kan hantera de största fartygen på över 100 000 ton. För att försvara ön från japaner, omslöt prins Zhou Dexing Xiamen Town med 110 kilometer av kraftigt befäst mur.
Den antika muren förstördes 1928, men du kan se rester på vissa platser som Xiamens universitet. Denna mur användes för att hålla japanerna ute, men den kunde dock inte hålla européerna utanför. De kom som handlare från början.
Sedan, efter att mongolerna invaderade och upprättade Qing-dynastin, etablerade en känd person vid namn Koxinga som föddes 1629 i Hirado, Japan, ett territorium i området utanför Qings kontroll. Han kämpade mot Qing-trupperna och drev även holländarna från Taiwan. När han hade kontroll, hette territoriets namn Siming som betyder 'Kom ihåg Ming'.
Det är nu namnet på ett distrikt i Xiamen. Holländarna hade koloniserat Taiwan. Så den 21 april 1661 seglade han med tiotusentals trupper (kanske 25 000), och holländarna kapitulerade den 27 januari 1662. Han är känd i både Kina och Taiwan för dessa segrar. Koxinga dog strax efter detta, och sedan tog Qingdynastin över Xiamen-området.
År 1902 hade området en lokal regering bestående av utlänningar. Det fanns utlänningar från många länder i den internationella bosättningen, och fjorton länder hade konsulat där. 1939 ville japanerna invadera området, men kunde inte på grund av närvaron av utländska trupper. 1941 kontrollerade japanerna området.
1980 blev det en av Kinas fyra första särskilda ekonomiska zoner där utländska investeringar och internationell handel var tillåten. Efter detta blev staden välmående. Staden är starkt beroende av utrikeshandel och investeringar för tillväxt. Det är en viktig hamn för handel med Taiwan och är en viktig passage för taiwaneser att besöka Kina.