Lin Zexu, en berömd nationalhjälteStaden Fuzhou är känd för sin långa historia. Det byggdes för över 2200 år sedan. Redan under den neolitiska perioden skapade folket Keqiutou-kulturen och Xianshishan-kulturen. År 202 f.Kr. utsågs ättlingen till Goujian, kungen av Yue-riket, till kung, så han började bygga staden. År 725 e.Kr. fick staden namnet Fuzhou, eftersom det i nordvästra regionen står ett berg, människor i forntiden trodde att berget kan ge dem lycka, på kinesiska uttalas lycka som 'Fu' och 'zhou' betyder region, så folk heter regionen Fuzhou.
Under 901 e.Kr. och 908. e.Kr. utökade kungen Wang Shenzhi staden och tog Yu-kullen, Wu-kullen och Ping-kullen in i gränsen, så staden kallas också Three Hills. I norra Songdynastin (960A.D~1127A.D) rådde en tjänsteman vid namn Zhang Boyu människor att plantera banyanträd så att hela staden på sommaren var täckt av skuggan av banyanträd, sedan dess var Fuzhou rykte som 'staden banyan'
Under Yuan-dynastin (1271A.D ~ 1368A.D) inrättades Fujians administrativa institution i Fuzhou, sedan dess blev staden huvudstad i Fujianprovinsen. I slutet av Mingdynastin (1368A.D~1644A.D) utropade Zhu Yujian sig själv till kejsare efter att ha slagit sig ner här, och namngav Fuzhou som Fujing. Under Qingdynastin (1644A.D ~ 1911A.D) inrättades Fuzhou officiellt som provinshuvudstad.
Den 20 november 1933 lanserade general Cai Tingkai den berömda 'Fujian-incidenten' och baserade regeringen i Fuzhou. 1946 inrättades Fuzhou officiellt som en stad. Den 17 augusti 1949, när staden Fuzhou befriades, blev den huvudstad i Fujianprovinsen.